Keegan cũng bị các đồng nghiệp chỉ trích, bao gồm Sir Michael Howard[9] và Christopher Bassford[10] vì lập luận của ông liên quan đến Carl von Clausewitz, một sĩ quan người Phổ và là tác giả của Vom Kriege (Bàn về Chiến tranh), một trong những tài liệu cơ bản về chiến tranh và chiến lược quân sự. Keegan được mô tả là "sai lầm hết chỗ nói". Bassford cho rằng, "Chẳng có bất kỳ chỗ nào trong tác phẩm của Keegan – dù ông ấy có rất nhiều cuốn nhật ký về Clausewitz và 'phe Clausewitz' – phản ánh bất kỳ cách đọc nào trong các tác phẩm của Clausewitz." Nhà khoa học chính trị Richard Betts đã chỉ trích sự hiểu biết của Keegan về các khía cạnh chính trị của chiến tranh, gọi Keegan là "một kẻ ngây thơ về chính trị."[11]

Ghi nhận các tác phẩm của Keegan viết về Waffen-SS, nhà sử học quân sự S.P. MacKenzie mô tả ông là một sử gia nổi tiếng "bị quyến rũ một phần hoặc toàn bộ bởi điều bí ẩn [của nó]". Ông chấp nối Keegan với chủ nghĩa xét lại lịch sử Waffen-SS đương đại, lần đầu tiên được HIAG, nhóm vận động hành lang Waffen-SS đề xuất từ những năm 1950–1990. Nhận xét về xu hướng đương đại này, Mackenzie viết rằng "khi các thế hệ già yếu của những nhà ghi chép Waffen-SS đã chết, lực lượng nòng cốt gồm các nhà văn mới nổi sau chiến tranh đã làm nhiều việc nhằm duy trì hình ảnh của lực lượng này như một đội quân cách mạng châu Âu" và kể cả Keegan trong nhóm.[12]

Vào tháng 8 năm 2015, chính phủ Nga đã cân nhắc việc cấm các tác phẩm của Keegan, buộc tội ông về sự cảm thông Đức Quốc xã.[13]